Table of Contents

1장 마이크로어레이(Microarray)

1.1 소개
1.2 생물학
1.2.1 DNA 와 RNA
1.2.2 염색체(Chromosome)
1.2.3 단백질(Protein)
1.2.4 중심 원리(Central Dogma)
1.2.5 cDNA, cDNA library, oligonucleotide
1.3 DNA 마이크로어레이 제작 방법
1.3.1 마이크로어레이의 기본 원리 및 제작 방법 개관
1.3.2 cDNA chip
1.3.3 Affymetrix Oligonucleotide chip (GeneChip)
1.4 예제
1.4.1 Rat Stem Cell 자료
1.4.2 Lymphoma 자료
1.4.3 Leukemia (AML/ALL) 자료
참고문헌

2장 이미지 분석

2.1 소개
2.1.1 디지털 이미지의 소개
2.1.2 마이크로어레이에서의 이미지
2.1.3 마이크로어레이 실험에서의 스캐닝 과정
2.1.4 마이크로어레이 실험에서의 이미지 분석
2.2 이미지 분석의 절차
2.2.1 격자화(gridding, addressing)
2.2.2 세분화(segmentation)
(1) 고정 원형 세분화 (fixed circle segmentation)
(2) 적합 원형 세분화 (adaptive circle segmentation)
(3) 적합 형태 세분화 (adaptive shape segmentation)
(4) 히스토그램에 기초한 세분화(histogram-based segmentation)
2.2.3 자료 추출(Data Extraction)
2.3 품질관리(Quality Control)
2.3.1 품질관리의 필요성
2.3.2 스팟의 품질
(1) Wang et al. (2001)의 방법
(2) Tseng et al.(2001)의 방법
2.3.3 슬라이드의 품질
2.4 Oligochip 분석
참고문헌

3장 실험디자인(Experimental Design)

3.1 소개
3.1.1 실험디자인의 목표
3.1.2 실험계획법의 기본원리
(1) 랜덤화의 원리(principle of randomization)
(2) 반복의 원리(principle of replication)
(3) 블록화의 원리(principle of blocking)
(4) 교락의 원리(principle of confounding)
(5) 직교화의 원리(principle of orthogonalization)
3.1.3 실험계획법의 분류
(1) 요인배치법(factorial design)
(2) 일부실시법(fractional factorial design)
(3) 불완비 블록계획법(incomplete block design)
3.2 마이크로어레이 실험계획
3.2.1 마이크로어레이 실험 목적
3.2.2 마이크로어레이 실험의 구성
3.2.3 변동 요인(sources of variation)
(1) 생물학적 변동(biological variation)요인
(2) 기술적 변동(technical variation)요인
(3) 측정 오차
3.2.4 반복 실험
(1) 기술적 반복실험
(2) 실험 단위 (unit) 의 반복
3.3 마이크로어레이 실험에서의 디자인
3.3.1 그래프 표현법
3.3.2 기준디자인(reference design)
3.3.3 고리디자인(loop design)
3.3.4 요인 배치법(factorial design)
3.4 디자인의 선택
3.5 실험시 고려사항
3.5.1 실험 횟수
3.5.2 풀링(Pooling)
참고문헌

4. DNA 마이크로어레이 자료의 표준화

4.1 표준화의 필요성
4.2 표준화를 위한 기준 유전자 선택
4.2.1 Housekeeping 유전자를 사용하는 방법
4.2.2 순위불변유전자를 이용하는 방법
4.2.3 Microarray Sample Pool을 이용하는 방법
4.3 표준화의 방법
4.3.1 슬라이드 내의 표준화 (within-slide normalization): 중심위치 표준화
(1) 전체 표준화방법(Global normalization methods, GN)
(2) 에 기준한 표준화방법(Intensity dependent normalization methods)
(3) 슬라이드내의 print-tip 표준화방법(Within-print-tip-group normalization)
(4) 기타 표준화방법
4.3.2 슬라이드 내의 표준화 (Within-slide Normalization): 산포의 표준화
4.3.3 슬라이드간의 표준화 (Between-slide Normalization): 중심위치의 표준화
4.3.4 슬라이드간의 표준화 (Between-slide Normalization) : 산포의 표준화
4.4 표준화 방법들의 비교
4.5 R 프로그램 응용
R의 함수를 이용하여 Rat Stem Cell(RSC) 자료와 Leukemia 자료를 분석해보도록 한다.
4.5.1 Rat stem cell(RSC) 자료
4.5.2 Leukemia AML/ALL 자료
참고문헌

5장 유의한 유전자 탐색(identifying differentially expressed genes)

5.1 단일 슬라이드(Single-Slide)에서의 유의한 유전자 탐색
5.1.1 Chen et al. (1997)의 방법
5.1.2 Newton et al. (2001)의 방법
5.1.3 Park et al. (2001)의 방법
5.1.4 예제
5.2 다중슬라이드(Multiple-Slide)에서의 유의한 유전자 탐색
5.2.1 처리그룹이 2개인 경우
(1) 독립표본인 경우
(2) 대응표본인 경우 (Paired 자료)
(3) 비정규성 자료
5.2.2 처리그룹이 3개 이상인 경우
(1) ANOVA 모형
(2) 혼합모형(Mixed Linear Models)
5.3 수정 인자(fudge factor)를 이용한 통계량
5.4 다중 검정(multiple test) 문제
5.4.1 Family-wise Error Rate: FWER
(1) Bonferroni FWER 조정 방법
(2) 순열검정을 이용한 FWER 조정 방법
5.4.2 False Discovery Rate: FDR
(1) Benjamini and Hochberg FDR 검정방법
(2) SAM 검정방법
5.5 R 프로그램 응용
5.5.1 RSC 자료
5.5.2 Leukemia 자료
5.5.3 dmautils.so 파일의 생성

참고문헌

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